El Efecto Calígula se desarrolla en un programa de realidad virtual conocido como "Mobius", creado para que las personas puedan escapar del dolor en sus vidas y vivir en un entorno idílico de la escuela secundaria, obligados a vivir sus 3 años indefinidamente. El protagonista principal es uno de un grupo que se da cuenta de que está en un mundo virtual, y forma el "Club Go-Home", un grupo dedicado a escapar de Mobius y su programa supervisor divino, un programa vocal llamado "μ" . Se oponen a los "Músicos Ostinato", un grupo que apoya μ y ve el Club Go-Home como traidores.
